• Interdyscyplinarna Szkoła Doktorska Academia Copernicana
• Szkoła Doktorska Nauk Humanistycznych, Teologicznych i Artystycznych
• Szkoła Doktorska Nauk Medycznych i Nauk o Zdrowiu
• Interdyscyplinarna Szkoła Doktorska Nauk Społecznych
• Szkoła Doktorska Nauk Ścisłych i Przyrodniczych